DAGCON

编辑 / Bioinformatics / 发布于2021-09-15 / 更新于2023-03-16 / 阅读 180

Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data
https://www.nature.com/articles/nmeth.2474

  1. git clone https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon.git
  2. cd pbdagcon
  3. 修改 makefile中25行, cd blasr_libcpp; NOHDF=1 NOPBBAM=1 python2.7 configure.py
  4. 查看自己python默认版本,如果是3.x 要使用python2.X 运行 config.py
    但直接运行会报错
    zip2: (stdin) is not a bzip2 file.
    tar: Child returned status 2
    tar: Error is not recoverable: exiting now
    原因是原来文件的连接已经失效,需要我们手动去下载
  5. cd src/cpp/third-party
  6. 下载boost库 wget -O boost_1_58_0.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.58.0/boost_1_58_0.tar.bz2/download
  7. 解压boost库 sudo tar vxjf boost_1_58_0-headersonly.bz2
  8. 修改文件名为 boost_1_58_0-headersonly
  9. 回到pbdagcon文件夹继续运行 python2.7 configure.py --boost --gtest --sub --no-pbbam
  10. make init-submodule
    如果报错 algorithms/alignment/../../../pbdata/matrix/FlatMatrix.hpp:11:71: error: ‘std::ostream’ has not been declared
    找到 blasr_libcpp/pbdata/matrix/FlatMatrix.hpp 在第5行下面添加 #include
  11. 重新 make init-submodule
  12. make
    如果错误中有 error: ‘DAZZ_DB’ does not name a type
    在 DAZZ_DB/DB.h 254行中的HIT_DB后面加上 ,DAZZ_DB
  13. make check
  14. cd src/cpp
  15. ./pbdagcon --help