DAGCON

Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data
https://www.nature.com/articles/nmeth.2474

1. git clone https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon.git
2. cd pbdagcon
3. 修改 makefile中25行， cd blasr_libcpp; NOHDF=1 NOPBBAM=1 python2.7 configure.py
4. 查看自己python默认版本，如果是3.x 要使用python2.X 运行 config.py
   但直接运行会报错
   zip2: (stdin) is not a bzip2 file.
   tar: Child returned status 2
   tar: Error is not recoverable: exiting now
   原因是原来文件的连接已经失效，需要我们手动去下载
5. cd src/cpp/third-party
6. 下载boost库 wget -O boost_1_58_0.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.58.0/boost_1_58_0.tar.bz2/download
7. 解压boost库 sudo tar vxjf boost_1_58_0-headersonly.bz2
8. 修改文件名为 boost_1_58_0-headersonly
9. 回到pbdagcon文件夹继续运行 python2.7 configure.py --boost --gtest --sub --no-pbbam
10. make init-submodule
    如果报错 algorithms/alignment/../../../pbdata/matrix/FlatMatrix.hpp:11:71: error: ‘std::ostream’ has not been declared
    找到 blasr_libcpp/pbdata/matrix/FlatMatrix.hpp 在第5行下面添加 #include
11. 重新 make init-submodule
12. make
    如果错误中有 error: ‘DAZZ_DB’ does not name a type
    在 DAZZ_DB/DB.h 254行中的HIT_DB后面加上 ,DAZZ_DB
13. make check
14. cd src/cpp
15. ./pbdagcon --help