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Minimap and miniasm: fast mapping and de novo assembly for noisy long sequences 符号定义∑=A,C,G,T\sum = {A,C,G,T}∑=A,C,G,T 为核苷酸的字符表。对于 a∈∑a \in \suma∈∑，a‾
文章http://genome.cshlp.org/content/27/5/747.full.pdf+html?sid=39918b0d-7a7d-4a12-b720-9238834902fd克隆git clone https://github.com/fxia22/HINGE.gitgit su
pipelineA：输入是长的高错误率的read，smrt（sms）B：过滤掉一些长度低于固定值的被标记为chimeric的readC：对repeat进行标记，通过能比对到这个read上的read数量的快速增加或者减少来确定。增加或减少存在于同一个read上的这种标记为 brideged repea
git clone https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon.gitcd pbdagcon修改 makefile中25行， cd blasr_libcpp; NOHDF=1 NOPBBAM=1 python2.7 configure.py查看自己