pipeline
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A：输入是长的高错误率的read，smrt（sms）
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B：过滤掉一些长度低于固定值的被标记为chimeric的read
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C：对repeat进行标记，通过能比对到这个read上的read数量的快速增加或者减少来确定。增加或减少存在于同一个read上的这种标记为 brideged repeat，其实就是这条read长度比repeat长能横跨整个repeat区域。另外一种不能横跨的就是unbridged repeat。
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D：选择最长的read继续算法，并在上面放置hinge（铰链），就是在repeat在这条read上开始或者结束的位置防止一个标志。
感觉实际上应该是这样的
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E：组装。带有铰链的一条read能有多条路径，
论文表达：
a fixed threshold